Budování nádraží v Mnichovicích má zajímavou a letitou historii. Podle projektu z r.1842, kdy zde byla vyměřována trať z Vídně do Prahy, byly měřičské práce budovány od sutin hradu Zlenice (soutok Mnichovky se Sázavou) Mnichovicemi k Menčicům. Nádraží v Mnichovicích bylo projektováno za farou a u „Křížku“. Nakonec však díky všem možným machinacím, byla trať otevřena v r. 1871 bez nádraží anebo alespoň zastávky v Mnichovicích. Dodatečné protesty ani intervence nepomohly. Jediné, čeho bylo dosaženo, bylo, že stanice ve Strančicích byla pojmenována Mnichovice – Strančice.
Takto byla označena až do r. 1905. Plných 17 let zde ale vlaky nestavěly a zastupitelé usilovali o zřízení zastávky. V r. 1888 starosta Hynek Čumpelík doručil novou žádost podepsanou 27 obcemi na ředitelství drah. Dosáhl vyslání komis, která doporučila zřízení zastávky v Mnichovicích pod podmínkou, že obec přispěje částkou 550 zlatých a bude po 3 roky přispívat 30 zlatých ročně na úklid a osvětlení zastávky. Tak se brzy po jednání objevila na dřevěném sloupu u cesty na Božkov tabulka s nápisem Haltestelle Mnichovitz Stadt – Zastávka Mnichovice – město a dřevěná budka, kde závorář prodával jízdenly. Dne 1.listopadu 1888 v 10 hod. dopoledne zde zastavil první osobní vlak, který byl uvítán obecním zastupitelstvem a místními občany. Po slavnosti, která následovala, pochodoval průvod krojovaných spolků na slavnostní mši do kostela. Po mši byl společný oběd v hostinci, na kterém starosta Čumpelík pronesl slavnostní přípitek a za okolní obce blahopřál starosta Ondřejova. Na slavnosti byla provedena sbírka na zřízení zastávky. Dalších 16 let trvalo, než byla postavena čekárna, do té doby sloužil jako čekárna hostinec pana Zelenky ( od.r.1896). V r.1902 byla započata stavba druhé koleje, součástí projektu bylo i zřízení nástupiště v délce 150 m a postavení zděné nádražní budovy a dřevěné čekárny na druhé straně. Čekárny byly spojeny ocelovou lávkou přes trať. Jízda po druhé koleji byla zahájena 1.května 1905, kdy byla dána do provozu i budova zastávky. V r. 1968 se začala elektrifikovat trať Praha Benešov, ocelová lávka byla odstraněna.Zkušební provoz na elektrifikované trati byl zahájen 10.března 1971 a první vlak tažený elektrickou lokomotivou zde zastavil toho dne v 0.54 hod. V r. 2005 byly zahájeny práce na komplexní 
rekonstrukci tratě Praha – Benešov, ukončeny byly v r. 2010. Úsek Strančice Mirošovice byl budován v r. 2009, došlo i k částečné rekonstrukci budovy nádraží ( omítky obou budov). Historická podoba budov nádraží zůstala zachována. Do dnešní podoby byla budova nádraží dokončena až na náklady obce Mnichovice v r.2011.
V r. 2012 se Nádraží Mnichovice zúčastnilo soutěže Nejkrásnější nádraží a bylo vyhodnoceno v Senátu ČR jako Pohádkové nádraží 2012.